smRNAシーケンス解析サービス

特長

small RNAは長さ～200ヌクレオチドのnon-coding RNAの一種です。small RNAの代表格であるmicroRNA（miRNA）はタンパク質合成（翻訳）時の制御において重要な役割を担っており。疾患マーカーとしての有用性が注目されています。
本解析サービスではmiRNAを含むsmall RNAを網羅的に解析します。マイクロアレイでは解析できない新規miRNA候補の検出が可能です。

解析方法

Total RNAから逆転写反応、PCRにて増幅したcDNAをシーケンシングします。ゲル電気泳動によるサイズ分画によりsmall RNAを含む画分がシーケンス対象となります。シーケンス方法は50bpシングルリードシーケンス、取得リード数は真核生物の場合30-40million readでの解析を推奨しています。
データ解析においては、既知のゲノム配列（リファレンス配列）にマッピングし、各種miRNAコード領域内にマッピングされたリード数をカウントします。

解析結果

miRBaseデータベースに基づいて既知miRNA種のリードカウントをサンプルごとに報告します。また新規miRNA種候補をmiRDeep2で予測します。既知small RNA種（snoRNA、snRNA、rRNA、tRNA）の分類をRfamデータベースに基づいて実施します。これらのデータはエクセルファイルにてご報告いたします。

必要サンプル条件

Total RNA　3.0μg以上（濃度 100ng/μl以上）

解析費用

解析費用は「ライブラリ調製（サンプル単位）」「シーケンス解析（レーン単位）」、「データ解析（ご希望の場合）」、「ハードディスク（検体数が多い場合）」より構成されます。
お問い合わせフォームよりご希望の生物種、解析検体数、データ解析有無のご希望をお知らせください。

納期

サンプルお預かりより約2か月

ご依頼方法

解析依頼書の確認事項に同意・捺印いただいた上で、ご所属・ご氏名・サンプル情報などの必要事項をご記入いただき、サンプルと合わせてお送りください。

(クラボウ担当者から解析依頼書はご案内いたします)

サンプル送付方法

サンプルは十分量のドライアイスを同梱し、下記宛先まで冷凍便にてお送りください。